Vitenskapen og den katolske kirken var tett sammenknyttet frem til slutten av 1500-tallet, men etter 1600 forandret kirkens åpenhet for vitenskapen seg. I stedet begynte man å benekte vitenskapens resultater. Som for eksempel at sola er universets sentrum.

Kopernikus lanserte teorien, som ble fordømt av kirken, samtidig som den anerkjente at Kopernikus gjerne måtte få ha denne teorien, om han nå absolutt skulle være på den måten. Verre gikk det når Giorando Bruno forsvarte dette heliosentriske verdensbildet, han ble brent på bålet som kjetter. Men han surra seg da også bort i okkultisme og magi. Galileo Galilei bygde sitt teleskop, rettet det mot himmelen, og bekreftet Kopernikus teorier, men kirken var ikke imponert. Han ble etterhvert tvunget til å ta avstand fra hele heliosentrien, og fornekte det han hadde sett med egne øyne.

Resultatet var et brudd mellom kirken og vitenskapen. I de katolske landene ble vitenskapen enten lammet, eller jaget bort. Inkvisisjonen truet i bakgrunnen. Nordvest i Europa gikk det langt bedre. Vitenskapen lot seg kombinere med de reformerte kirkene på langt bedre vis.